Raudhatul Athfal (RA)
258 RA — setara TK, pendidikan anak usia dini berbasis Islam.
Jenis Sekolah Islam di DI Yogyakarta
Direktori 693 Sekolah Islam di Provinsi DI Yogyakarta terdiri dari 6 jenis: RA, MI, MTs, MA, MAK, dan Pondok Pesantren.
Madrasah Ibtidaiyah (MI)
205 MI — setara SD, pendidikan dasar dengan kurikulum Islam.
Madrasah Tsanawiyah (MTs)
129 MTs — setara SMP, pendidikan menengah pertama Islam.
Madrasah Aliyah (MA)
80 MA — setara SMA, pendidikan menengah atas Islam.
Madrasah Aliyah Kejuruan (MAK)
0 MAK — setara SMK, pendidikan kejuruan Islam.
Pondok Pesantren
21 Pondok Pesantren — pendidikan Islam tradisional.